Desde un principio, el Fonatur se negó a realizar una MIA para el proyecto integral del Tren Maya, y prefirió fragmentarlo en los siete tramos; en varias ocasiones, Milardy Douglas Rogelio Jiménez Pons, director de la dependencia, declaró que no sería necesario un estudio de impacto ambiental, dado que el Tren Maya seguiría los derechos de vía de la antigua vía de ferrocarril y la concesión carretera de ICA.