La Auditoría Superior de la Federación (ASF) documentó que en 2019, el Programa de Vacunación no alcanzó la cobertura prevista; no hubo seguimiento a la red de frío para garantizar la adecuada conservación de los biológicos; no se sustentó que la adquisición de vacunas se hubiera realizado con base en lo programado para garantizar la disponibilidad oportuna, suficiente y de calidad y no se acreditó el número de personas a las que les fueron aplicadas las dosis. Las deficiencias recurrentes en la operación de este programa, señala la ASF, propiciaron que, durante el periodo 2013-2019, los casos de enfermedades prevenibles por vacunación se incrementaran en promedio anual en 1.3%, al pasar de 469,291 casos en 2013 a 508,450 en 2019, en tanto que la mortalidad por estas enfermedades también registró un aumento promedio anual del 27.4%, al pasar de 343 defunciones en 2013 a 1,466 en 2019.